Po nastolení harmonie (mír a klid) v Myrtaně (Gothic 3) se bezejmenný hrdina vrací zpět na ostrov Khorinis. Tady ovšem zjistí, že do Jharkendaru byla vyslána expedice Paladinů vedená Lordem Hagenem, kteří se chystají zlikvidovat místní piráty. Piráti od odchodu našeho hrdiny získali nového vůdce Hannibala a stali se extrémně nebezpečnými. Země Jharkendaru vždy náležela bohu Adanosovi, ale poslední dobou je zde více a více hněvu Beliara a to nejen v podobě skřetu, kteří sem také odcestovali. Tento mor se začal šířit poté, co jeden z vesničanů objevil tabulky s nějakými instrukcemi a byla vyvolána Zlatá Brána (Golden Gate - Złote Wrota). Bezejmenný hrdina se rozhodně opět nastolit pořádek a tak znovu odchází do země Jharkendaru...